فاطمه مهاجرانی در فهرست اعضای شورای راهبری کابینه دولت مسعود پزشکیان که ریاست آن بر عهده محمدجوادظریف بود نیز ثبت شده بود. او از جوانترین چهره‌های حاضر در کابینه است و سوای از فعالیت‌های سیاسی اخیر، از جنبه علمی و آموزشی بیشتر به موضوعاتی همچون داده‌کاوی، استرتژای آموزش الکترونیکی، سیستم‌های ترکیبی و رضایت دانشجو توجه داشته است.